Gaetano Auteri inizia la sua carriera da calciatore nel Siracusa, in seguito viene acquistato dal Varese, dopo svariati infortuni ai menischi che mettono in discussione il suo futuro viene acquistato dal Genoa per 1,4 miliardi di lire.
Successivamente ha vestito anche le casacche di Monza, Palermo, Licata e Leonzio ( quest'ultime a fine carriera).
Nel 1992, sfumata la trattativa con il Taranto decide di rifiutare l'offerta della Sambenedettese, e a soli 31 anni lascia il calcio giocato.
Ha iniziato la carriera di allenatore nel 1994 come preparatore dei portieri dell'Atletico Catania.
Nella stagione 95-96 inizia la carriera da allenatore alla guida del Ragusa, ottenendo il secondo posto nel Campionato Nazionale Dilettanti.
Dal 1998 al 2001 guida l'Igea Virtus prima in Serie D, e dopo aver conquistato la vittoria del campionato 1999-2000, anche in Serie C2 ottiene un magnifico sesto posto.
In seguito all'Avellino viene esonerato dopo nove giornate.
La stagione successiva si ritrova alla guida del Crotone in Serie C1, venendo subito esonerato dopo la sconfitta con il Paternò, dopo cinque partite viene richiamato in panchina e conclude la stagione al sesto posto.
Nella stagione 2003-2004 allena il Martina, campionato conclusa al dodicesimo posto.
Nel 2004-2005 con il Siracusa conquista il quarto posto in Serie D, dal 2005 al 2007 allena il Gallipoli è alla prima stagione vince il campionato di Serie C2, nello stesso anno ottiene anche la Coppa Italia Serie C.
Seguono due anni nuovamente al Siracusa con cui nel 2008-2009 vince il campionato di Serie D, e uno al Catanzaro concluso al secondo posto.
Nel 2010 approda alla Nocerina in Lega Pro Prima Divisione, ottenendo la promozione diretta in Serie B.
Il 26 maggio 2011 vince la Supercoppa di Lega Pro Prima Divisione.
Debutta nella serie cadetta ma il 7 gennaio 2012, con la squadra al penultimo posto a 16 punti dopo il termine del girone d'andata, viene sollevato dall'incarico. Il 23 gennaio viene richiamato in panchina e a fine stagione la squadra retrocede in Lega Pro, ma viene riconfermato in panchina.
Alla prima partita stagionale rimedia una sconfitta contro la Paganese, per questi rassegna le dimissioni ma respinte dal patron della Nocerina, a fine stagione raggiunge l'obiettivo play off.
Nel 2013 diventa l'allenatore del Latina in Serie B, venendo esonerato dopo tre giornate.
Nel 2014-2015 con il Matera raggiunge la semifinale play off, persa contro il Como.
Nel luglio del 2015 diventa l'allenatore del Benevento, portando la squadra campana per la prima volta in nella sua storia in Serie B.
Nel 2016 dopo aver rescisso il contratto torna al Matera in Serie C per due stagioni, con un terzo e un dodicesimo posto.
Nel 2018 torna al Catanzaro, raggiungendo i play off in entrambe le stagioni in cui ha allenato.
Nel 2020 con il Bari, dopo aver messo insieme 42 punti in 22 partite distante 14 punti dalla capolista viene esonerato.
Nel 2021 viene richiamato in panchina, raggiunge comunque i play off, ma non viene riconfermato per la stagione successiva.
Dal 19 giugno viene nominato nuovo tecnico del Pescara in Lega Pro, dove fino adesso sta svolgendo un ottimo lavoro con 5 vittorie e 1 pareggio in 6 partite.
Tantissimi auguri allo Special One di Floridia.
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